Setomaan kunta, Setomaa vald syntyi Viron suuren kuntauudistuksen tiimellyksissä vuonna 2017. Uudistuksen tavoitteena oli kasvattaa kuntien kokoa, asukasmäärää ja samalla niiden elinvoimaisuutta. Kuntien minimikooksi määrättiin 5 000 asukasta, mutta kaukaisempana tavoitteena hallituksella oli vähintään 11 000 asukaan kunnat. Reformin tuloksena Viron kuntien lukumäärä laski 213:sta 79:ään: 15 kaupunkia ja 64 (maalais)kuntaa.
Poikkeuksena uudistuksessa päätettiin säilyttää muutama saaristokunta (Ruhnu, Kihnu, Muhu ja Vormsi) itsenäisenä, vaikka asukaslukukriiteri ei täyttynytkään. Myös Setomaan kunnan synty on ainakin parissa mielessä poikkeus.
Ennen kuntauudistusta setojen enemmistö (jos emme ota huomioon suuria kaupunkeja Tallinnaa ja Tarttoa; vrt. Suomen suurin ”saamelaiskylä” on Helsinki) asui kolmessa kunnassa – pohjoisesta lukien Mikitamäe, Meremäe ja Värska – ja Misson kuntaan kuuluneella ns. Luhamaan alueella. Setokylät olivat: Hindsa, Koorla, Kossa, Kriiva, Leimani, Lütä, Mokra, Määsi, Napi, Pruntova, Põrstõ, Saagri, Tiastõ, Tiilige, Toodsi ja Tserebi.
Ajatus yhdestä setojen omasta kunnasta oli vanha, mutta lopulta selvisi, että Mikitamäen kunnanvaltuuston enemmistö vastusti kuntaliitosta ja niinpä asiasta järjestettiin kansanäänestys, jonka tuloksena oli että 76,9 % äänestäneistä kannatti yhden Setomaan kunnan muodostamista. Osanotto kansanäänestyksen oli Viron-ennätysluokkaa eli 57,5 %. Erimielisyydet kuitenkin johtivat siihen, että yhtenäinen Setomaan kunta syntyi Viron hallituksen pakkoliitospäätöksen seurauksena.
Kiisteltiin myös kunnan keskustaajamasta, joksi valikoitui Värskan kylä ja siitä, mihin maakuntaan uusi kunta kuuluisi. Uuden kansanäänestyksen yllätystuloksena oli Võrumaan maakuntaan liittyminen.
Setomaan kunnan pinta-ala on 463,2 km². Vuoden 2019 alussa Setomaalla oli vain 3 280 asukasta – ja asukasluku oli laskusuunnassa.
